2004年起，国家相继实施农作物良种补贴、种粮农民直接补贴和农资综合补贴（下称农业“三项补贴”），有力地促进了粮食生产和农民增收， 但随着农业生产方式的变化，农业“三项补贴”政策的指向性、精准性逐渐减弱，政策边际效应递减，政策效能逐步减弱，难以满足新型农业经营主体的需求。

基于传统补贴方式的效力减弱、农村金融供需失衡、传统金融机构支农动力不足等现实问题和需要，党中央和国务院决定，对财政支农方式进行改革和创新，由财政资金出资建立政策性农业信贷担保机构， 并通过中央财政对其进行持续的担保费补助和代偿风险补助维持其政策性属性。

2015年5月，经国务院批准，财政部、农业部联合印发《关于调整完善农业三项补贴政策的指导意见》财农〔2015〕31号，明确提出，支持粮食适度规模经营资金重点要支持建立完善农业信贷担保体系。

2015年7月，财政部、农业部、银监会联合印发《关于财政支持建立农业信贷担保体系的指导意见》财农〔2015〕121号，对全国农业信贷担保体系建设进行了全面部署，决定在2015年-2017年期间， 将农业支持保护补贴中，农资综合补贴资金20%的存量部分，加上种粮大户补贴试点资金和增量资金，用于支持适度规模经营，将这部分资金作为注册资本金，成立全国农业信贷担保体系。省级层面，在 全国各省、自治区、直辖市、计划单列市建立省级农业信贷担保机构，并向市县延伸业务分支机构，直接为新型农业经营主体提供信贷担保服务。国家层面，组建国家农业信贷担保联盟有限责任公司，为 省级机构分险增信，构建起完整的专门支持农业适度规模经营的担保、再担保组织机构体系。